Từ góc độ hiệu quả, chế độ làm việc của máy bay không người lái phun nông nghiệp sẽ bao gồm chế độ hoạt động của một máy và hệ thống nhiều máy. Để kết thúc này, điều khiển chuyến bay sẽ cung cấp khả năng bay theo đội hình và thực hiện các nhiệm vụ phối hợp với nhiều máy bay. Khi lựa chọn cấu trúc điều khiển, cần xem xét nhiều yếu tố một cách toàn diện, bao gồm phân rã nhiệm vụ của toàn hạm đội thành các mục tiêu cụ thể cho từng nông nghiệp phun UAV, lập kế hoạch nhiệm vụ trực tuyến, tối ưu hóa trực tuyến đường bay của nhiệm vụ' và lập kế hoạch quỹ đạo và theo dõi, phối hợp giữa các máy bay không người lái khác nhau trong quá trình hình thành, kiểm soát cấu hình lại và quản lý lỗi trong việc xem xét sự không chắc chắn của môi trường và các lỗi và thiệt hại của chính nó. Do đó, kiểm soát UAV phun nông nghiệp tiên tiến phải có cấu trúc nền tảng mở, và được định hướng theo nhiệm vụ và định hướng hiệu quả, bao gồm khả năng mở rộng tối đa. Để đáp ứng các yêu cầu như vậy, giải pháp hiện đang được chấp nhận rộng rãi là chọn cấu trúc điều khiển phân cấp và công nghệ điều khiển.
